水下机器人技术国家级重点实验室的依托单位哈尔滨工程大学，其前身是创建于1953年的中国人民解放军军事工程学院。哈尔滨工程大学是全国重点大学，首批“211工程”建设高校，由国防科工委、教育部、黑龙江省政府、海军四方共建，2011年其“现代舰船与深海工程”跻身国家“优势学科创新平台”行列。学校现隶属于国家工业和信息化部。学校继承和发扬“哈军工”的优良传统，形成了“国家利益至上”、“以祖国需要为第一需要，以国防需求为第一使命，以人民满意为第一标准”的大学精神。学校坚持“三海一核”（船舶工业、海军装备和核能开发）服务特色，并将“三海一核“作为学校的办学方略。
2002年11月，原国防科工委和总装备部下发了《关于水下机器人技术国家级重点实验室项目立项的批复》，重点实验室开始了宏观设计和筹备准备，相关的研究工作同步进行，其确定了重点实验室的研究方向：（1）体系结构与智能控制技术；（2）声与非声环境与目标感知技术；（3）海洋环境适配技术。2006年10月水下机器人技术国家级重点实验室新的办公大楼和综合实验水池开始正式动工建设。2010年2月国家国防科技工业局下发了《关于水下机器人技术国家级重点实验室项目竣工验收的批复》，重点实验室验收通过。
重点实验室以面向国家海军装备建设和海洋发展战略的重大战略需求，以支撑水下机器人等装备研究为使命，以三大研究方向的基础与应用基础研究和关键技术攻关为主要任务，以水下机器人等海洋无人系统为研究领域，以群体智能、绿色为新的技术内涵进行了深入的研究。经过十余年的建设运行，其已成为我国水下机器人技术领域的研究基地和高层次复合型人才的培养基地。重点实验室建成以来承担来自国防科工局、总装备部、海军装备部、工业和信息化部、科技部、国防自然科学基金委和行业内的相关科研院校和生产单位下达和委托的科研项目百余项，科研成果获得省部级奖励9项，其中，获得国防科学技术进步二等奖4项，三等奖1项；以发表国家发明专利178项；软件著作权42项；在国内外期刊和会议上共发表学术论文535篇。
