1953年  中国人民解放军军事工程学院（哈军工）海军工程系造船科，设舰艇设计与制造专业。

1955年  造船科设水面舰艇设计与制造、潜艇设计与制造两个专业。哈军工招收首期研究生3名，均入读海军工程系。

1966年  哈军工集体转业，学院更名“哈尔滨工程学院”。海军工程系改为舰船工程系，原水面舰艇设计与制造、潜艇设计与制造两个专业改为舰船原理、舰船结构力学两个专业。

1971年  船舶设计与制造学科和船舶动力学科组建船舶工程系（一系）。专业设置恢复为：潜艇设计与制造、水面舰艇设计与制造。

1975年  潜艇设计与制造、水面舰艇设计与制造专业合并为舰船制造专业。

1978年  调整设置，船舶工程系下设船舶原理教研室、船舶结构教研室、海洋系统工程教研室。

1981年  船舶与海洋工程流体力学成为全国首批博士点；船舶与海洋工程结构力学首批硕士点。

1983年  恢复船舶设计教研室。

1985年  船舶工程系（一系）更名为船舶与海洋工程系。设有船舶工程专业，船舶原理、船舶结构、船舶设计、船舶振动4个教研室。

1986年  船舶结构力学获评博士授权学科，船舶设计制造学科获硕士授权学科。

1987年  增设“海洋工程”本科专业（后更名为“海岸与海洋工程”专业）。

1988年  设置调整为：船舶快速性、船舶运动性、船舶操纵性、船舶结构力学、船舶建造工艺、船舶设计、船舶工程结构实验室、船舶水池实验室8个教研（实验）室。

1989年  经国务院学位委员会批准建立船舶、水运工程两个博士后科研流动站。

1993年  增加新船型设计教研室。

1997年  现代船舶设计与制造、船舶力学成为“211工程”学校重点建设项目。国家研究生专业目录调整，船舶流体力学、船舶结构力学、船舶设计制造三个研究生专业合并为船舶与海洋结构物设计制造专业。设有船舶与海洋结构物设计制造、流体力学两个博士点。并获我国首批船舶与海洋工程一级学科博士授予权。

1998年  原专业合并为船舶与海洋工程1个专业，整合教研室为流体力学、结构力学、船舶操纵、船舶设计4个教研室。船舶与海洋工程博士后科研流动站在国家评估中同类排名第一。力学学科博士后流动站获准建立。船舶与海洋结构物设计制造学科获国家首批特聘教授岗位设置权。

1999年  港口海岸及近海工程学科获硕士学位授予权。

2000年  设船舶与海洋工程、港口航道与海岸工程、水利水电工程3个专业。新增港口航道、水利水电、结构振动3个教研室。

2001年  黑龙江水运规划设计院并入，更名船舶工程学院。

2002年  船舶与海洋结构物设计与制造获批国防科工委重点学科，船舶工程专业被评为国防科工委重点建设专业。“水下智能机器人技术国家级重点实验室”获批建设。

2003年  力学学科获得一级学科博士授予权。

2004年  船舶与海洋工程力学学科等在国家发改委批复中正式列入“十五211工程”重点学科建设项目，水利水电工程专业停止招生。

2005年  船舶与海洋工程本科专业通过英国皇家造船师学会资质认证。成立“深海工程技术研究中心”，美国工程院院士Webster为首的10人海外团队加盟。新增海洋环境适应性实验室。

2007年  建成“多体船技术实验室”。

2008年  通过梳理凝练学科方向，调整组织为：水下机器人技术国家级重点实验室、深海工程技术中心、舰船总体与系统技术研究所、船海设计制造技术研究所、船海流体力学研究所、船海结构力学研究所、港口航道与近海工程技术研究所。

2009年  获批“船舶与海洋工程国家级实验教学示范中心”。

2015年  按学科方向及既有基础调整设置为：海洋运载器技术研究所、海洋工程技术研究所、舰船与海洋平台总体技术研究所、船舶与海洋工程流体力学研究所、船舶与海洋工程结构力学研究所、船舶与海洋工程实验中心。

2017年  船舶与海洋工程学科入选“双一流”学科，并在国家第四轮学科评估中获评A+。

2019年  海洋机器人本科专业获批，学校成为国内首个开设海洋机器人专业的高校，船舶与海洋工程专业入选国家级一流本科专业建设点。

2022年  港口航道与海岸工程入选国家级一流本科专业建设点。